San Andreas różni się od swoich poprzedniczek ilością niespodzianek i zagadek szerzonych przez graczy. Krótko po opublikowaniu gry, na wielu forach dyskusyjnych gracze mówili, że widzieli w grze Wielką Stopę. Twierdzenia te poparto zdjęciami, które, jak się później okazało, były albo odpowiednio spreparowane, albo były rezultatem błędnej identyfikacji. Jednakże wielu graczy broniło swoich racji i głosili oni, że nie jest to tylko ich wymysł.
W grze jednym z obszarów jest "rejon wydzielony" na pustyni, nazwany bazą militarną Strefa 69, parodiującą rzeczywistą Strefę 51. Doprowadziło to do jeszcze większej ilości spekulacji wśród graczy na temat niezidentyfikowanych obiektów latających i obcych. Wielka mapa San Andreas, znajdująca się w domu Mike`a Toreno i bar, nazwany Li`l Probe Inn (Pod Małą Sondą), spowodowały, że fani zaczęli głosić, iż mapa ta jest kluczem do odgadnięcia zagadki UFO; jednak Rockstar mówi, że mapa ta nie ma żadnego praktycznego zastosowania.
Inną pogłoską są samochody-widmo, które stały się motorem kolejnych dziwnych spekulacji. Samochody-widmo to samochody, które pojawiają się w określonym miejscu i mają uszkodzenia, których nie można naprawić w warsztatach. Czasami, w odległym rejonie Back o Beyond, pojawia się samochód, który toczy się z górki bez widocznego kierowcy. Na dodatek jedna z lokacji samochodów-widmo zbiega się z zaznaczeniem na mapie Torena.
Urosło również dużo pogłosek na temat "świńskich ryjów" (z gry Manhunt) czy charakterów bez twarzy (z Teksańskiej masakry piłą mechaniczną). Wiele z tych pogłosek nie zostało udowodnionych na zdjęciach lub wideo i dość szybko straciły one znaczenie dla fanów. Najpopularniejszym obrazkiem był zamaskowany człowiek trzymający piłę mechaniczną. Okazało się poźniej, że był to po prostu rysunek głównego bohatera z założoną na twarz maską hokejową.
Wiadomości w listach zawierały również informacje o lądowaniach UFO na pustyni. Chociaż fani często myśleli, że jest to jak najbardziej wiarygodne, nie stworzono żadnych pogłosek w tej sprawie. Na niebie dość często widać również latające "cygara". Wielu fanów twierdzi, że to właśnie jest UFO widziane w grze, podczas gdy inni fani mówią, że jest to po prostu uproszczony model samolotu, zrobiony tak, aby zajmował jak najmniej pamięci operacyjnej. Rockstar nie podał na razie żadnych informacji o tych obiektach, a powód umieszczenia tych obiektów w grze nie jest do końca jasny.
Niektórzy fani dość szybko znaleźli różne rzeczy w teksturach gry, np. jelenia i od razu zaczęli głosić, iż są to tekstury dinozaurów. Popierałoby to jedną z wcześniejszych pogłosek nt. pojawiania się zwierząt w lasach. Dość dziwnym zjawiskiem stało się ponowienie pogłosek nt. Wielkiej Stopy i reakcje fanów, którzy mówią, że zostali wprowadzeni w błąd.
Wielu przechodniów w grze umiera w dość dziwnych samobójstwach, chociaż może to być tylko niedopatrzenie w oskryptowaniu ścieżek przechodniów niż zamiar dodatkowej niespodzianki. Na przykład fotograf robi zdjęcie, a następnie idzie się utopić. Niektórzy mówią, że jest to aluzja do gry DMA Design Lemmings. Przechodnie pojawiają się na gzymsach, następnie spadając z nich doprowadzają do własnej śmierci.
Firma ZomboTech z siedzibą w San Fierro jest aluzją do Umbrella Corporation z serii gier Resident Evil. Zaczęto od razu szerzyć pogłoski, że nocą w San Fierro pojawiają się zombie. Inną, też niepotwierdzoną, znaną pogłoską jest duch matki CJ-a, pojawiający się na zdjęciach zrobionych na cmentarzach. Mimo że niepotwierdzono istnienia duchów w grze, widać przypisywane im wydarzenia. Na przykład, cmentarz w Los Santos w tajemniczych okolicznościach zostaje w nocy pomalowany graffiti. Owe graffiti (Grove Street 4 Life - Groove Street za życie) znika, gdy słońce pojawia się na horyzoncie.
Niektórzy mówią, że są to różne intrygi i kłamstewka firmy Rockstar stworzone w celu zwiększenia reklamy gry i aby fani serii jak najdłuzej grali w tą grę.
Postanowiłem odświerzyć temat o GTA: SA, gdyż znalazłem coś co mnie bardzo zaciekawiło. Ten tekst powyżej, długi, ale interesujący znalazłem na pewnym forum. W SA gram od tygodnia, po prostu rewelacja. Przechodzę w tej chwili misje "Na wsi", zostały mi dokładnie trzy. Dlatego nie odkryłem jeszcze wielu elementów, o których jest mowa w tym opisie. Uważam, że to bardzo interesujące. Widać, że Rockstar Games naprawdę się postarał, o wszystkim pomyślał, o ile to prawda. Co Wy o tym sądzicie, może odkryliście coś tajemniczego i intrygującego w GTA: SA
